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活性抗生素耐药细菌（ARB）在环境中传播抗生素耐药性（AMR）方面发挥着重要作用；然而，它们在很大程度上仍未被探索。在此，我们将生物正交非规范氨基酸标记与高通量荧光激活单细胞分选（FACS）和测序结合起来，以表征复杂环境基质中活性 ARB 的表型和基因组。活性 ARB 在整个废水处理过程中赋予六种抗生素耐药性，并进行了区分和量化。活性ARB的百分比和浓度范围分别为0.28%至45.3%和1.1×10 4 至2.09×10 7 个 细胞/mL。值得注意的是，最终废水截留量高达 4.79 × 10 4 细胞/mL 活性 ARB。靶向 FACS 和基因组测序揭示了活性 ARB 与总体群体相比具有独特的分类组成。还确定了活性 ARB 中抗生素抗性组和移动组的共存，包括分配给致病菌的三个高质量宏基因组组装基因组，强调了它们的活性、表型抗性、移动性和致病性所带来的重大健康风险。这项研究通
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