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一文搞定:COX模型的校准曲线(2种方法+训练集+外部验证集)

生信菜鸟团  · 公众号  · 生物  · 2024-11-25 18:23
    

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前面我们已经讲过逻辑回归模型的校准曲线的画法,这次我们学习cox回归的校准曲线画法。 准备数据 使用自带数据 lung 数据集进行演示。 这个是关于肺癌的生存数据,一共有228行,10列,其中 time 是生存时间,单位是天, status 是生存状态,1是删失,2是死亡。其余变量是自变量,意义如下: inst :机构代码,对于我们这次建模没啥用 age :年龄 sex :1是男性,2是女性 ph.ecog :ECOG评分。0=无症状,1=有症状但完全可以走动,2=每天 < 50%的时间在床上,3=在床上>50%的时间但没有卧床,4=卧床不起 ph.karno :医生评的KPS评分,范围是0-100,得分越高,健康状况越好,越能忍受治疗给身体带来的副作用。 pat.karno :患者自己评的KPS评分 meal.cal :用餐时消耗的卡路里 wt.loss :过去6个月的体重减少量,单位是磅 library (survival) rm(list = ls()) dim(lung) [1] 228 10 str(lung) ………………………………

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