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最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 1000 个植物)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2024-09-10 21:00

主要观点总结

本文介绍了药用植物因其潜在的药用价值在民族医学和传统医学中受到关注,以及基因组测序和合成生物学的最新进展。为了解决药用植物基因数据的有效利用问题,整合药用植物组学平台IMP的开发和使用被强调。IMP平台提供了多个功能分析模块,包括基因表达图谱的绘制、共表达基因的搜寻和鉴定、基因簇的展示、BLAST序列搜索、多序列比对、在线差异基因分析、GO/KEGG富集分析、GSEA富集分析、IGV基因组浏览器展示、引物设计等功能。文章还详细描述了如何使用IMP平台的各种功能,并提供了相关的统计数据和信息。最后,文章强调了IMP平台的重要性,并给出了往期精品的推荐。

关键观点总结

关键观点1: 药用植物的重要性及基因组研究现状

药用植物因潜在的药用价值和在民族医学、传统医学中的关注被介绍。基因组测序和合成生物学的最新进展也进行了描述。

关键观点2: 整合药用植物组学平台IMP的介绍

为了解决药用植物基因数据的有效利用问题,IMP平台被开发和使用。该平台提供了多个功能分析模块,包括基因表达图谱的绘制、共表达基因的搜寻和鉴定等功能。

关键观点3: IMP平台的具体功能和使用

文章详细描述了如何使用IMP平台的各个功能,包括多基因表达图谱的绘制、BLAST序列比对和搜索、多序列比对展示、引物设计等功能。还介绍了平台的访问地址和各个页面的功能。

关键观点4: IMP平台的重要性

文章强调了IMP平台在药用植物分子代谢途径解析、合成生物学发展、药物发现和药物生产天然来源的探索等方面的重要作用。


文章预览

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击 阅读原文 直接跳转)。 IMP收录了 1007 个高质量的基因组(预期收录所有植物的基因组,目前已收录1007 个),整理了 848,565,672 个基因,以及 2,158 个转录组测序样本,涵盖了多个器官、组织、发育阶段和胁迫刺激。通过集成的 10 个分析模块,用户可以简单地在IMP中探索基因的注释、序列、功能、分布和表达。IMP的开发和使用将会从 ………………………………

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