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PNAS | 细胞速率新概念—基于生物进程的RNA速率推断(TopicVelo)

生信益站  · 公众号  ·  · 2024-10-12 08:00

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生信益站,一点就有益 ! 祝友友们天天开心,月月发 CNS~ 设我为🌟星标,每天就能第一时间看到推送啦~ ❝ 伪时间 (或者 拟时序 )、 细胞速率 算法是 解释破坏性测量的转录组谱研究动态生物现象 (例如分化、免疫反应和癌症,这些现象涉及多个同时发生的生物过程)的2个重要手段, 而这还远远不够 —— 为了创建一种更广泛有效的 RNA 速率工具来研究复杂系统(包括免疫反应),研究人员创建了 TopicVelo ,这种方法使用 概率主题/Topic模型 (也称为成员等级模型)来解开 可能 同时 发生的生物学过程 。 TopicVelo结合了主题建模和突发模型,可实现准确、稳健的 RNA 速率推断。 这种高度可解释的贝叶斯非负矩阵分解使 TopicVelo 能够专注于 参与不同过程的特定细胞和基因,以更好地捕捉它们的动态 。为了推断过程特异性基因的动力学参数, TopicVe ………………………………

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