专栏名称: 生信钱同学
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从前天的Nature中,我学到了21 年 Cell开发的单细胞代谢状态的计算——一起学代码

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-06-14 00:11
    

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不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效 需要的小伙伴们请及时到 文末 领取今日的code ⚠️⚠️⚠️大家注意了,真心感谢小伙伴们的支持,平台也给我开通了留言评论功能,有问题大家可以在下方讨论,共性问题的解决是非常有助于大家相互学习的 今天从前天刚发的 nature中我发现了篇21年Cell开发的计算单细胞转录组数据中单个细胞的代谢变化,并且产生的结果非常可靠,做代谢的或者想丰富自己的文章内容的小伙伴均可以试试这个方法 应用示例 咱们先看看 21 年的 Cell compass --data expression.tsv --num-processes 10 --species homo_sapiens 你没看错,就是这么一行带么,你只需要准好自己的矩阵文件把expression.tsv替换掉就行。你利用它产生的reactions.tsv 结果文件,就可以画上面的四个图了。你们也看到了,从代谢得分PCA 到具体的代谢通路,再 ………………………………

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