正常组织与癌旁组织可以一视同仁吗？

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书接上回，上一个被老板火眼金睛挑出来的数据集，详见：《 2万个基因少一半也不影响最后的差异分析富集结果啊？ 》 这次来看看 数据集： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161533 ，共有84个 ESCC 样本： 吭哧吭哧一顿做完后，老板一看结果， 有一半的case混入control，这肯定不对。 老板解释道：癌症样本与癌旁样本肯定是可以分开的，你再回去看看。 前面的分析结果如下： 回去后我就自己看了下我的分组， 原来是因为样本中有三种组织类型，我只是将样本分成了两个组别：Normal一组，剩余的都是肿瘤组 ： gse_number "GSE161533" dir.create(gse_number) setwd(gse_number) getwd() list.files()  #gset  gset '.' , getGPL = T) gset[[1]] a  ## 挑选一些感兴趣的临床表型。 pd colnames(pd) pd $title pd $characteristics_ch1 table(pd $characteristics_ch1 ) ## ～～～分组信息编号需修改～～ ………………………………