大可不必删除一个样品

主要观点总结

本文讨论了关于一篇关于单细胞转录组数据集的文章，该文章在对单细胞数据处理中存在一些问题。作者对删除样品操作的合理性进行探讨，并对单细胞数据处理中的Harmony使用方法进行了分析。作者认为作者在单细胞转录组数据处理时没有正确理解Harmony的用法。

关键观点总结

关键观点1: 文章反馈与问题概述

交流群的小伙伴对文章删除样品操作表示困惑，并指出文章在单细胞数据处理方面的不足。

关键观点2: Harmony和CCA的使用

文章提到了使用Harmony和CCA进行聚类分析，但降维聚类分群结果存在疑问。

关键观点3: 作者对删除P2样品的猜测

作者认为删除P2样品是因为其在单细胞数据中的独特性，但实际上作者可能未正确理解Harmony的用法。

关键观点4: Harmony的正确使用及后续处理

作者强调正确的Harmony使用步骤和后续数据处理的重要性，包括降维聚类分群、根据单细胞亚群特异性基因命名等。

关键观点5: 常见问题及解决方式

很多研究人员在使用Harmony后未能正确进行后续处理，尤其是RunUMAP函数的使用，导致整合效果不理想。

文章预览

交流群的小伙伴反馈说他在复现一个单细胞转录组数据集的数据挖掘文章：《 Comprehensive scRNA-seq analysis to identify new markers of M2 macrophages for predicting the prognosis of prostate cancer 》，对于作者“莫名其妙”的删除了一个样品的操作感觉“百思不得其解”： “莫名其妙”的删除了一个样品 我下载了文献读了一下，发现正文里面压根就没有然后单细胞数据处理图表，完全就是最常规的预后模型的建立，基于tcga数据库的转录组测序表达量矩阵。单细胞内容都在附件里面，尤其诡异的是 文章里面提到了：Cluster analysis was carried out by Harmony and CCA ，感觉就是倚天屠龙都用上了，但是降维聚类分群后，仍然是每个病人的细胞分离很开，比如p4 泾渭分明 ：   如果是按照文章里面的说法，那么p4也应该是被删除了。 很明显是作者在做单细胞转录组数据处理的时候没搞 ………………………………