Nat. Mach. Intell.｜蛋白设计工具预测突变热稳定性

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蛋白计算模型预测突变热稳定性 今天为大家介绍的 Nat. Mach. Intell. 的一篇论文。用一些蛋白设计工具去评估蛋白稳定性变化。本文探讨了模型之间的互补性，以及多特征ensemble去预测稳定性的帮助。 结果 1. Benchmark 作者使用了8种不同的蛋白设计工具，在4个不同的数据集上做了Benchmark，发现突变稳定性的预测ProteinMPNN模型最好。这其实在proteinGym的结果也可以看出，没有什么意外的。另外，笔者疑惑ESM-IF为什么没有在这个图里面，按照 ProteinGym 的结果，这里 ESM-IF 极有可能表现更优 。 图1 2. 模型互补性 从 图3 可以看到，任意2个模型的组合combination，似乎对稳定性的预测都有提升（图中右上角为红色），这就说明稳定性的预测可以多个模型两两组合。其中Oracle和Cartesian DDG的组合表现最好，在图中左上角。 图3 3. 多特征ensemble 从 图4 可以看到，随着特 ………………………………