主要观点总结
本文介绍了使用R语言和在线工具绘制热图的方法,包括使用corrplot、ggcorrplot、ComplexHeatmap等包绘制相关性热图、分类热图、环形热图等,以及使用OmicShare工具绘制标签热图、圆角热图、热图通路图等。此外,还介绍了复杂组合热图的绘制,如互作热图、结构式与热图的组合、进化树与热图的组合等。
关键观点总结
关键观点1: 使用R语言绘制热图的方法
包括使用corrplot、ggcorrplot、ComplexHeatmap等包,可以绘制相关性热图、分类热图、环形热图等。
关键观点2: 使用在线工具绘制热图的方法
介绍了一些在线工具如OmicShare,可以方便快速地绘制标签热图、圆角热图、热图通路图等。
关键观点3: 复杂组合热图的绘制方法
介绍了如何绘制互作热图、结构式与热图的组合、进化树与热图的组合等复杂组合热图的方法。
文章预览
1 使用R语言绘制热图 1.1.使用corrplot绘制相关性热图 使用corrplot包可绘制lower、upper、full三种布局方式的热图,格子样式默认为"circle",图形的样式还可以是"square"、"ellipse"、"pie"和 "color"等,其中method = "number"时,只显示相关性系数。 #计算mtcars数据框的相关性系数; cor #安装R包; install .packages( "corrplot" ) #载入相关R包; library (corrplot) #自定义渐变颜色; col2 "#77C034", "white" , "#C388FE" ),alpha = TRUE) #显著性计算: res p p [1:6,1:5] #添加下三角相关系数矩阵; corrplot (cor,add = TRUE,method = 'number', type = 'lower', col = col2(100), order = c('hclust'), diag = T, number.cex = 0.9, tl .pos = 'l', tl.col= "grey20" ,cl.pos = 'n', p .mat = p, insig = "pch" ,pch.col= "grey20" ,pch.cex=2) #饼图添加显著性星号; corrplot (cor, order = "hclust" ,col = col2(100), method = "pie" ,
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