算法测评 | 如何选择合适的 PPI 检测方法以识别关键癌症通路

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Basic Information 英文标题：A comprehensive benchmark study of methods for identifying significantly perturbed subnetworks in cancer 中文标题：癌症中显著扰动亚网络识别方法的综合基准研究 发表日期：30 December 2024 文章类型：Review 所属期刊：Briefings in Bioinformatics 文章作者：Le Yang | Yijun Sun 文章链接：https://academic.oup.com/bib/article/26/1/bbae692/7934575 Abstract 网络方法利用蛋白质-蛋白质相互作用信息来识别癌症中显著扰动的亚网络，并提出关键分子通路。 已经开发了许多方法，但迄今为止，缺乏严格的基准分析来比较现有方法的表现。 在本文中，我们提出了一种新的基于合成数据的基准框架，并进行了全面分析，以研究现有方法检测目标基因和亚网络的能力，以及如何控制假阳性，并探讨它们在基因和亚网络层面存在拓扑偏差时的表现。 我们的分析揭示了以前无法获得的算法 ………………………………