PyWGCNA(加权基因共表达网络分析)--一个python端的WGCNA便捷包

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PyWGCNA(加权基因共表达网络分析)--一个python端的WGCNA便捷包 image-20231128225228584 pyWGCNA 是一个python端的 clusterprofile 替代,该作者发表了该文献在bioinformatics上.但是我记得没错的话clusterprofile主要是用于各种富集分析的吧。所以两个只能说pyWGCNA也有富集分析功能，和clusterprofile比起来还是差点意思.而且这个包用下来作者的说明文档和更新什么都没有做到最好，有些地方也存在代码更新了教程没有更新的情况. 评价: PyWGCNA 中开发了比较完整的WGCNA的分析流程，能从表达矩阵和metadata端到端的完成分析，同时里面加入了两个不同处理产生的WGNCA进行比较，以及便捷的metadata与模块的关联分析。但实我感觉用起来没有作者说的那么方便，功能富集分析的数据集指定没有那么方便可能无法方方便的在网络找到教程要去看源码。总之R做GCNA挺好的.这个代码作者好像没 ………………………………