计算肿瘤TMB的shell脚本

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继上篇： 《肿瘤TMB的计算原理及数学模型》 ，本篇主讲“shell脚本计算流程”。 假设我们有肿瘤测序数据SRR2496734，正常组织测序数据SRR2496734，这两组数据是MSKCC发布的，可以从NCBI SRA数据库下载。那么可以用下面的shell脚本计算得到SNP、INDEL，通过简单python脚本提取somatic位点并计算即可得到TMB值。这shell脚本结果跟www.genekras.com平台免费VarScanSomatic计算项目一致。 免费说明：我们参考broad 的做法： At this time we are able to offer two services for running WDL workflows on Google Cloud using the Cromwell execution engine and the Google Pipelines API. Note that while access to both of these services is free, compute and storage are subject to Google Cloud pricing, charged directly by Google (Broad does not apply any markup). 计算脚本: redup="true" nt="6" ………………………………