Nature | 揭示转录因子位置依赖性：解密基因调控的空间密码

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引言 在基因组中，转录因子(transcription factors, TFs)通过特定序列的结合位点来调控基因表达 。然而，不同TFs在基因启动子(promoters)和增强子(enhancers)中的结合位点常常呈现出相似的组合，这些结合位点如何编码多种重叠的基因表达程序仍然是一个重要的研究课题。 每个细 胞都以独特的方式解释相同的基因组，这一过程的核心是序列特异性TFs，它们通过解读基因组中的调控序列语法来组织调控程序。 然而，这些调控程序是如何编码的仍然大多不明。 许多调控元件包含相似的TFs序列模式，大多数TFs广泛结合于调控序列，基因调控结果却因而变化不大。 这导致我们目前难以仅从DNA序列预测基因表达模式，并且对大多数人类基因转录的调控方式还不清楚。 之前的研究表明，TF结合位点的间距、方向和拷贝数，以及TF结合位点的亲和力，均能影响转录输出 ………………………………