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不想用代码做单细胞转录组降维聚类分群,试试看网页工具呢?

单细胞天地  · 公众号  ·  · 2024-12-07 09:30
    

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单细胞转录组数据挖掘有两个很明显的策略:在任意生物学背景下挑选一个单细胞转录组数据集然后降维聚类分群后选择任意一个亚群的特异性高表达量基因作为课题开始,或者课题结束后定位到了少量感兴趣基因后去任意单细胞转录组数据集的降维聚类分群结果里面进行可视化。 如果大家选择了策略一,就需要在自己的生物学背景下挑选一个合适的数据集,然后对这个单细胞转录组进行降维聚类分群后挑选任意一个亚群的特异性高表达量基因作为课题开始。比如2024的这个文章:《A Novel Tumor-Associated Neutrophil-Related Risk Signature Based on Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Analyses Predicts the Prognosis and Immune Landscape of Breast Cancer》,就是挑选了GSE114725这个乳腺癌的单细胞转录组数据集 , 做了降维聚类分群,然后定位到了Tumor-associated neutrophils (TANs) ,然后选择了它 ………………………………

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