tidyomics体系介绍及用法详解-1-tidySummarizedExperiment包分享

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前言 由于tidySummarizedExperiment是后续tidy转录组流的基础，所有本次先简单分享下这个包的用法 教程网址：https://stemangiola.github.io/tidySummarizedExperiment/ 代码（示例数据） library(ggplot2) library(tidySummarizedExperiment) library(SummarizedExperiment) # Create tidySummarizedExperiment, the best of both worlds! pasilla_tidy  pasilla_tidy 虽然是se对象，但是其已经增加了tibble的属性 # 本质还是SE对象 assays(pasilla_tidy) colData(pasilla) rownames(pasilla) se对象的方法仍可以应用 # 可以应用tidyverse流的各种方法 pasilla_tidy %>%   slice(1) pasilla_tidy %>% filter(condition ==  "untreated" ) pasilla_tidy %>%   select(.sample) pasilla_tidy %>%   count(.sample) pasilla_tidy %>%   distinct(.sample, condition,  type ) tidyverse的常规函数可以应用 pasilla_tidy %>%   rename(sequencing= type ) pasilla_tidy %>%   mutate( type =gsub( "_end" ,  "" ,  type )) pasilla_tidy  ………………………………