从概念到应用，清华团队开发DeepTFBU工具包助力基因表达精准调控

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将  ScienceAI   设为 星标 第一时间掌握 新鲜的 AI for Science 资讯 编辑 | 萝卜皮 增强子通过与转录因子 (TF) 相互作用，在各种生物过程中充当基因表达的关键调节器。虽然转录因子结合位点 (TFBS) 被广泛认为是 TF 结合和增强子活性的关键决定因素，但其周围背景序列的重要作用仍有待定量表征。 清华大学的研究团队提出了转录因子结合单元（transcription factor binding unit，TFBU）概念，通过使用深度学习模型量化 TFBS 周围上下文序列的影响，模块化地建模增强子。 基于这一概念，研究人员开发了 DeepTFBU，这是一个用于增强子设计的综合工具包。 该团队证明设计 TFBS 上下文序列可以显著调节增强子活性并产生细胞类型特异性反应。DeepTFBU 在从头设计包含多个 TFBS 的增强子方面也非常高效。此外，DeepTFBU 可以灵活地解耦和优化广义增强子。 该研究以「 Modeli ………………………………