专栏名称: 生信益站
单细胞、转录蛋白代谢多组学数据分析、软件测试、科研绘图代码分享。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信益站

画火山图 P值为0怎么办?

生信益站  · 公众号  ·  · 2024-11-08 08:00

文章预览

生信益站,一点就有益 ! 祝友友们天天开心,月月发 CNS~ 设我为🌟星标,每天就能第一时间看到推送啦~ 科研服务 今天继续给大家画图——众所周知,如果用 DESeq2 进行 差异 分析,会出现 padj=0 的情况,那么 -log10(0) 就是 无穷大 ,画图的时候会出现 point显示不完整 的情况: 怎么解决呢? 数据整理 library (ggplot2) library (dplyr) label "label.tsv", header =  T ) # dim(label) # [1] 10  1 df "diff.tsv", sep =  "\t" , header =  T ) colnames(df) "Gene_name",  "logFC" ,  "FDR" ) df$type = ifelse(df$FDR 0.05  &  abs(df$logFC) >=  1 ,               ifelse(df$logFC>  1  , 'Up' , 'Down' ),                       'NS' ) 基本绘图 xleft 0.5 xright 0.5 df %>%     ggplot(aes(x = logFC,                y = -log10(FDR),                colour = type)) +     geom_point(alpha =  0.4 , size = ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览