专栏名称: 生信媛

生信媛，从1人分享，到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程，持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。

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BWA源码阅读笔记（一）什么是nst_nt4_table

生信媛 · 公众号 · 生物 · 2020-03-24 15:54

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高通量数据比对讲究的就是一个快和准，因此大部分软件都是用C语言实现。BWA是目前基因组序列比对最常用的工具，由于自我感觉已经入门C语言，为了提高自己的水平，因此开始从源码角度学习李恒大神开发的BWA工具。本次介绍的是 bntseq . c 开头这部分看起来强行凑代码量的表格，但本质上是一种用空间换时间哈希函数。 unsigned char nst_nt4_table [ 256 ] = { 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 5 /*'-'*/ , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , 4 , ………………………………

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