gromacs使用额外水模型

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在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用 spc 水模型，对于相对要求精确的模型一般使用 tip3p 模型，对于离子或者小分子的研究有时候使用 tip4p 的模型，这些在gromacs中都是含有的，但是水模型一直在发展，不同的体系可能对于水模型有较大的变化，具体可以查看水模型的综述页面。例如核酸中用的较多的除了 tip4p - eW 水模型以外还有 OPC 水模型，但是该水模型并未在gromacs中自带，所以需要自己构建，以下简单介绍方法: 关于OPC水模型 简化的经典水模型是实际原子模拟中不可缺少的组成部分。然而，尽管经过几十年的深入研究，这些模型还远未完善。我们开发了一种新的方法来构建广泛使用的点电荷水模型，这与 ………………………………