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生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-08-16 18:08

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal extracellular matrix mechanical regulation of lipid metabolism reprograming through YAP/TEAD4/ACADL axis in hepatocellular carcinoma”,这篇文章发表在Int J Biol Sci期刊上,影响因子为9.2。 大规模转录组分析揭示了肝细胞癌中明显的代谢失调 为了研究肝细胞癌(HCC)代谢重编程的机制,作者从京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库中选择了与86个代谢途径相关的2886个人类基因(表S1)。为了揭示HCC的代谢异质性,作者根据基因集变异分析(GSVA)估计了癌症基因组图谱(TCGA)队列中每个样本中74个代谢途径的富集分数,其中有12个途径由于样本量相对较低而被过滤掉。根据层次聚类结果,作者发现三个聚类解是TCGA数据集的最佳解,并将其应用于聚类模型中。根据74个代谢途径的富集分数,将所有374 ………………………………

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