基因表达芯片原理

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 GEO数据挖掘系列，第6篇学习笔记：介绍基因表达芯片原理，认识表达矩阵是什么，做差异分析前我们需要什么 一、基因表达芯片原理 探针的表达量代表基因的表达量 探针：一段短的核苷酸序列，即相当于从基因中截出来一段短序列来设计探针，再将探针插在芯片上。当接触样品时，通过一定的方法，可以测定每一个探针的光信号强度即表达量，再将探针的表达量来代表对应的基因的表达量 所以并不是直接获得基因表达量矩阵，而是先获得探针表达量矩阵，之后需要将探针转换成基因 图1 二、芯片分析的思路 1.找GSE编号 从GEO数据库找、从pubmed里找、从其他的文献搜索引擎中找 2.下载数据 手动下载、代码下载 下载的数据包括 ①表达矩阵 ②临床信息：因为该表中大部分是医学临床信息，所以称其为临床 ………………………………