主要观点总结
这篇文章研究了晚期非小细胞肺癌患者对PD-1/PD-L1抑制剂的反应情况。基于Stand Up To Cancer-Mark Foundation队列的WES和RNAseq数据，文章分析了患者基因组、转录组以及治疗结果之间的关系。
关键观点总结
关键观点1: 研究背景
PD-1/PD-L1抑制剂在晚期非小细胞肺癌治疗中有较好疗效，但反应预测因子需要改进，以确定最可能受益的患者。
关键观点2: 研究方法
研究采用了WES测序、体细胞突变分析、RNAseq等方法，对393名患者进行了分析。
关键观点3: 研究结果
研究发现非同义TMB中PR/CR患者的中位TMB较高，而EGFR或KRAS/STK11突变是检查点阻断反应的负面预测因子。此外，ATM基因突变有利于检查点阻断反应，而TERT基因拷贝数扩增具有显著性。
关键观点4: 新抗原分析和转录组分析
研究进行了新抗原分析，发现新抗原负荷与治疗反应相关。转录组分析则发现了与检查点阻断反应相关的差异基因和通路。
关键观点5: 综合多组学分析
基于基因组数据和RNAseq数据，研究团队发现了一个反映“伤口愈合”微环境的强相关模块，一个与“免疫激活/耗竭”相关的模块，以及一个与突变负荷相关的模块。
关键观点6: 总结
该研究为NSCLC的免疫治疗提供了新的见解，并可能有助于开发新的生物标志物和治疗策略。
文章预览
Title Genomic and transcriptomic analysis of checkpoint blockade response in advanced non-small cell lung cancer Online https://www.nature.com/articles/s41588-023-01355-5 研究背景 PD-1/PD-L1 抑制剂在晚期非小细胞肺癌 （NSCLC） 治疗有较好的疗效，但仅在五分之一的未经选择的患者中观察到反应，需要改进反应预测因子来确定最有可能获益的患者。 研究方法 患者和样本：Stand Up To Cancer-Mark Foundation （SU2C-MARK） NSCLC 队列，该数据集包含 393 名在晚期接受免疫检查点抑制剂抗 PD（L）1 治疗的患者。共有 182 例患者为男性，207 例患者为女性。 WES测序：肿瘤样本为 FFPE样本，共 309名患者进行 WES，配对正常血液或者癌旁组织作为对照，Illumina 的 TruSeq DNA 外显子组试剂盒，在HiSeq2500 进行 双端测序，读长 76 bp。肿瘤和正常样本的平均覆盖深度分别为 150× 和 80×。 体细胞突变分析：采用的是 BWA 比对到
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