专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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生信猿的docker入门课2

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-11-30 07:45
    

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背景 小师妹突然找到我,问我是否知道怎么做singularity或者docker镜像。细问之下了解到,她的文章在投,因为涉及她自己写的一个工具以及数据分析,编辑要求她提供镜像。原因在上一篇推文其实提到过,总的来说,只提供分析源码和数据本身并不能保证分析的可重复性。因为还有依赖的库以及软件版本改变带来的隐忧。 也许,容器技术在生信领域已经成为其中一种标准了。 这篇推文主要介绍一下2种生成docker镜像的方法。 镜像封装 打包镜像的方法有2种: 以某个基础镜像,比如centos7,为基础,运行docker容器,在容器内将所有需要安装的安装完毕后,以该容器为基础生成一个新的镜像。 使用dockerfile生成镜像。 我自己的习惯是,先在容器内将需要安装的软件安装一 ………………………………

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