Nat Methods | 田鲁亦/刘晓东团队系统性评估11种空间组学技术

引言基于测序空间转录组技术（sST）的快速发展改变了在空间背景下测量基因表达的能力，被Nature Methods评为2020年的年度技术【1,2】。这项技术是前沿生物研究关注的热点，有望从组织水平解析发育和疾病演进的规律，成为新的病理诊断工具。近两年新的技术不断涌现，然而技术的发展应该关注哪些指标，如何对这些技术进行标准化的多维度评估和比较，尚未有清晰的解决方案【3】。sST通常涉及空间条形码的寡核苷酸，这些寡核苷酸以不同方式在微阵列、珠子、聚合物菌落 (polonies) 或纳米球上进行空间索引，或在微流控通道中进行空间索引。细胞释放的 mRNA 被局部捕获在每个位置中，这些位置包含具有相同空间条形码的寡核苷酸。斑点中心之间的距离经常作为重要的技术指标，被用作分辨率的衡量标准，然而其他的重要考虑因素，包括固定寡核 ………………………………