肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现(二)：细胞注释

主要观点总结

本文介绍了对肺腺癌单细胞数据集GSE189357的复现过程，包括数据整理、降维聚类与分群、细胞注释以及可视化等步骤。文章详细描述了如何加载数据、设置分辨率、创建新的文件夹、设置需要可视化的标记基因、绘制分群气泡图、查看选择的分辨率的umap分布、人工肉眼注释亚群等具体操作流程。

关键观点总结

关键观点1: 数据整理与降维聚类

从原始数据整理开始，包括数据清洗、预处理等步骤，然后选择适当的分辨率进行降维聚类和分群。

关键观点2: 细胞注释

介绍细胞注释的方法和工具，包括手动注释和基于数据库的注释等，对单细胞数据进行细胞类型识别和注释。

关键观点3: 可视化分析

通过绘制气泡图、umap分布图等可视化工具，展示单细胞数据的分布和聚类结果，便于理解和分析。

关键观点4: 手工细胞分群注释

根据生物学背景和基因表达量情况，对单细胞亚群进行人工肉眼注释，为后续的细胞类型及基因可视化提供基础。

关键观点5: 总结与展望

总结本期工作的内容和成果，展望下一期的工作方向，包括细胞类型及基因的可视化等。

文章预览

分享是一种态度 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。连着三天手术日，拖更了一天。据说生信夜班侠在实验室被背刺（ 血浆和肿瘤组织的多组学分析揭示了三阴性乳腺癌抗PD-L1免疫治疗的核心蛋白 ），见了见世面，深感同情。夜班侠是刚从临床到实验室，我是刚从实验室来临床。我比较幸运，来到了一个和谐的科室和一个气氛超级好的组，免去了很多人际上的是非。但是在临床上，你还会面临其他各种问题。各种辛酸，慢慢道来，加油吧，东北老铁！！！加油吧，各位实验室和临床的同（niu）行（ma）！！！ 好了，私货夹带完毕，开始进入正题。 今天是肺腺癌单细胞数据集GSE189357复现系列第二期。第一期我们走了Seurat V5标准流程，利用harmony整合去批次后，按标准流程进行了降维聚类分群。本期，我们将在第一 ………………………………