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7+细胞焦亡+分型+预后模型,分型构建模型怎么切入,来看这个分析思路!

生信分析手册  · 公众号  ·  · 2024-09-18 18:00

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Identification of pyroptosis subtypes and prognosis model of hepatocellular carcinoma based on pyroptosis‐related genes ”,这篇文章发表在 Cancer Med 期刊上,影响因子为7.31。 结果: TCGA-LIHC 患者中差异表达的 PRG 的鉴定 该研究的工作流程如图所示1.首先,从既往研究中提取了33个PRGs。此外,在GOBP_PYROPTOSIS和REACTOME_PYROPTOSIS个基因集中分别鉴定出27个和27个基因。从61个基因集中去除重复基因后,将61个基因定义为PRGs,在TCGA-LIHC数据集中评估了这61个PRGs在非肿瘤和肿瘤样本中的表达。根据 FDR < 0.05 和 |log2FC|> 0.5 中,共鉴定出 20 个 DEPRG。其中,TCGA-LIHC样本中14个基因上调,6个基因下调,火山图和热图显示。 功能富集分析 为了更好地理解DEPRGs的功能,使用clusterProfiler软件包进行了GO和KEGG分析。GO富集分析表明,DEPRGs主要与控制白细胞介素- ………………………………

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