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再小的差异也能被gsea找出来

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-12-18 23:05
    

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我们的马拉松授课专注于表达量矩阵的数据处理技巧传授,包括表达量芯片,转录组 测序, 单细胞转录组,都是一脉相承的。 每个知识点都有对应的练习题安排给学员来考验大家是否掌握差异分析和富集分析的精髓,其中表达量芯片环节大家完成作业还是比较积极的,转录组测序也还行, 有一半的小伙伴还是可以交作业的!比如其中一个学员就读了这个文章:《KIAA1522 is a new biomarker of promoting the tumorigenesis and distant metastasis of colorectal carcinoma》,对应的数据集是:GSE174449,做了处理,然后提出来了一个很有意思的问题, 就是文献里面的差异基因和通路,在可视化里面非常明显的差异,但实际上处理这个GSE174449时候看到的变化倍数还有gsea打分都很低很低!!! 在可视化里面非常明显的差异 让我们看看学员提出来的问题该如何解决吧:https://www.ncbi. ………………………………

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