多性状或者多个模型的QQ和曼哈顿重叠图

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大家好，我是邓飞。 之前介绍了好几篇QQ图和曼哈顿图的绘制 GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante ， GWAS分析QQ图挺好，曼哈顿图没有显著性，如何调整阈值 ，今天介绍一下多个性状或者多个模型的QQ图和曼哈顿图如何绘制。这里，整理了示例数据和代码，比葫芦画瓢，很容易复现。 多性状的QQ图： 多性状的曼哈顿图： 1，多性状曼哈顿图应用场景 场景一：多环境的数据，一般分开进行分析，结果就是同一个性状在多个环境中有多个结果，如果想把结果合并到一个图中，这就需要多性状曼哈顿图，每个环境的数据一个颜色，看一下交叉情况。 场景二：同一个性状，使用多个模型，比如GLM、MLM、Farmcpu等，想把同一个性状不同的模型放在一起，也可以用多性状曼哈顿图。 2，如何准备数据 我们这里使用的包是 CMplot ，数据格式可以用Excel进行整理： 第一列是SN ………………………………