专栏名称: Biomamba 生信基地
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零代码复现《NC》+1

Biomamba 生信基地  · 公众号  ·  · 2025-02-23 09:05
    

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写在前面 此前我们在 生信基地 举办了 生信基地第一课| 1.5天学会单细胞分析 的交流活动, 活动结束后有的同学表示 在 半天就完成了复现 NC的作业:   经过 1.5d 的学习,我们布置了如下文献结果复现作业: 文章标题: Single cell analysis in head and neck cancer reveals potential immune evasion mechanisms during early metastasis 文章中文标题:对头颈部癌症的单细胞分析揭示了早期转移过程中潜在的免疫逃逸机制。 文章链接: https://www.nature.com/articles/s41467-023-37379-y 发表期刊:《 Nature Communications 》 1. 如下图的文章展示 进行大群注释、组间 umap 图、各细胞类型 marker 基因小提琴图展示、细胞类型占比分布 2. 对肿瘤细胞(就是上皮细胞,拷贝数变异已确定)完成细胞亚群分析(图 a ), 对个样本上皮细胞 EMT 基因集打分(图 b );对 HN251 、 HN279 样本的肿瘤细胞进行组间 ………………………………

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