Nat Method | 王涛/谢阳团队开发单细胞分辨率下对细胞信号交流进行分析的多实例学习模型-Spacia

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胞间信号交流 (cell-cell communication, 简称 CCC ) 是所有多细胞生物的基本功能之一。生物组织中存在着由多种细胞组成的复杂的三维空间结构，而其中存在着大量的复杂的CCC。因此利用机器学习手段建立分析模型成为解析CCC的重要手段。目前已有的分析模型主要是利用对单细胞测序数据 （single cell RNA-sequencing） 中已知配体-受体对的搜索来判断两个细胞间是否存在CCC。此类手段在逻辑上看似简单直接，但在应用上存在明显的缺陷。第一，此类工具深受配体-受体数据库 （一般为蛋白到蛋白的结合的数据库） 的限制，不可以用于预测由新的、未知的CCC。第二，配体和受体在不同细胞间的mRNA表达不等同于两者间的蛋白与蛋白结合。用这种蛋白到蛋白的结合数据库作为筛选的标准，并不适用于基于转录组的测序数据。于此对应，通过研究同一通道的下游基 ………………………………