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PCAS:利用CPTAC蛋白组学数据进行多组学癌症研究的R包及Shinyapp

进哥哥Jingle  · 公众号  ·  · 2024-06-19 10:10
    

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            好久没有发布公众号文章和B站视频了,一来毕业季各种忙,一来憋两个大招,这个第一个大招,CPTAC的分析工具PCAS刚刚发表了,先给大家分享一下。 用户可以直接使用如下链接访问PCAS Shinyapp: https://jingle.shinyapps.io/PCAS/ 也可以安装该R包: remotes::install_github("WangJin93/PCAS") 输入PCAS_app()函数运行PCAS app, 该APP的使用参照本工具的文章: https://doi.org/10.3390/ijms25126690 或B站视频: https://www.bilibili.com/video/BV1W6421Z7nr/ PCAS包主要函数: 1. get_data(): Description Get the CPTAC data by using the api. All results saved in MySQL database. Usage     get_data (   table   = "LUAD_Academia_protein",   action   = "expression",   genes   = c ( "GAPDH", "TNS1" ) ) Arguments table For action = expression, use dataset$Abbre to get all tables; For action = clinic, remove _protein/_mRNA/_Phospho from dataset$Abbre. action "expression", " ………………………………

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