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如何下载蛋白序列并进行比对分析?

基迪奥生物  · 公众号  ·  · 2024-08-18 10:59

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前段时间在一篇NC文章中,看到下图a这样的蛋白序列对位图,黑白配色,很高级的样子。那么,如果拿到感兴趣基因的蛋白序列,如何绘制这样好看的序列对位图呢? ( Nature Communications , 2024) 1.序列Blast 首先,要有感兴趣的蛋白序列文件,保存为Fasta格式的文本文件,可使用记事本、Notepad++、Sublime等文本编辑器进行编辑保存。 接着,使用NCBI数据库中的BLAST在线工具,就可以得到同源序列。 网址链接: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 注意,由于是蛋白序列,这里选择点击Protein BLAST按钮。 在BLAST工具参数设置页面,点击选择文件按钮上传我们的Fasta蛋白序列文件,其他参数保持默认,然后点击下方的 BLAST 按钮。由于只有一条序列,当然也可以直接将蛋白序列复制粘贴到输入框中。 由于是在线比对,整个任务需要一点点时间。任务完成后,在Description选项, ………………………………

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