华科陈卫华/复旦赵兴明合作开发高效精准鉴定肠道病毒基因组的机器学习方法VirRep

文章预览

肠道微生物由细菌、古菌、真菌和病毒等组成。其中，肠道病毒是其它三类微生物的重要调控者，且可作为抗生素的替代品用于致病菌感染的治疗，具有重要理论研究意义和应用价值。 从宏基因组测序数据中识别病毒基因组序列是研究人类肠道病毒组成的常用方法。尽管涌现出许多相关计算工具，如何高效精准地从宏基因组样本中识别病毒序列仍然面临较大挑战。 2024年7月4日， 华中科技大学生命学院 陈卫华教授 联合 复旦大学 赵兴明教授 团队在生物信息学 top 期刊《 Genome Biology 》在线发表题为“VirRep: a hybrid language representation learning framework for identifying viruses from human gut metagenomes”研究论文。 该研究开发了一种人类肠道微生物基因组语言混合表征学习框架VriRep，能够整合基因组的语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环 ………………………………