生物信息学100个基础问题 —— 第33题 什么是链特异性的RNA-Seq？

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Hello 大家好！我们又见面了。 最近，我们一直在围绕着RNA-Seq的相关技术在进行讨论，我们聊过了polyA+与rRNA-的建库策略问题，我们也聊过了测序深度与测序仪通量的问题，那么今天我们来聊一下链特异性RNA-Seq的建库问题。 1.什么是链特异性建库与链非特异性建库RNA-Seq 图1-1 链特异性建库与非特异性建库示意图 （Zhao et al., BMC Genomics，2015） 在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成，随后加adapter。这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的，因为被测序的有可能是gene的foward strand 也有可能是reverse strand。 而链特异性的RNA-Seq建库是通过一定的建库策略，让RNA在反转录和加adapter的过程以后还能够保存链的信息的建库策略。如图1-2所示， ………………………………