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之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，然后可视化 目标基因集合的打分 ，这里介绍 scMetabolism 包- 整合了多个可以完成细胞代谢相关通路评估方法的R包。 一 载入R包， 数据 首先根据官网 GitHub - wu-yc/scMetabolism: Quantifying metabolism activity at the single-cell resolution 的介绍安装相关的R包，需要注意的是 VISION要安装v2.1.0 版本。 然后使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ，为节省资源，每种细胞类型随机抽取30%的数据。 install.packages(c( "devtools" , "data.table" , "wesanderson" , "Seurat" , "devtools" , "AUCell" , "GSEABase" , "GSVA" , "ggplot2" , "rsvd" )) #Please note that the version would be v2.1.0 devtools::install_github( "YosefLab/VISION@v2.1.0" ) devtools::install_github( "wu-yc/scMetabolism" ) # 加载R包 library (scMetabolism) library (tidyverse) library (rsvd) library (Seurat) library (pheatmap) l
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