合并两个不同物种的单细胞转录组数据集注意harmony的参数

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学员在交流群反馈在处理一个2020的文章里面的GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组数据集遇到了两个物种数据集整合失败问题。 这两个数据集分别是人和鼠的SMC异质性探索的，文献标题是：《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell Phenotypic Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》，可以看到GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合： 两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合 其中小鼠的样品比较多：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE155513 GSM4705592_RPS003_matrix.txt.gz 6.9 Mb GSM4705593_RPS004_matrix.txt.gz 6.0 Mb GSM4705594_RPS011_matrix.txt.gz 5.1 Mb GSM4705595_RPS012_matrix.txt.gz 2.7 Mb GSM4705596_RPS007_matrix.txt.gz 9.8 Mb GSM4705597_RPS008_matrix.txt.gz 5.0 Mb GSM4705598_RPS001_matrix.txt.gz 11.4 Mb GSM4705599_RPS002_matrix ………………………………