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手把手教学|单细胞分析基础流程(二):Seurat数据可视化

实验老司机  · 公众号  ·  · 2024-11-29 07:00
    

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在上一期 详解单细胞分析基础流程(一)标准分析 中和大家分享了使用Seurat进行单细胞分析的基础流程,本来这篇文章想直奔基础流程中的难点细胞注释的。但是考虑到在Seurat的数据可视化方面还大有可为,其数据的可视化方法远远不止上一篇文章当中提到的几种,因此这篇文章呢我们接着来学习Seurat数据的可视化。不要求全部掌握,但是尽可能多了解一些可视化的方法,以后出图的时候能更加游刃有余。 而且在我个人看来,多花一些时间去学习数据结构和数据可视化是非常值得的。数据分析这项工作和细胞动物实验一样,都是需要花一些时间去打磨的。基础不牢,地动山摇。 本文使用的是10X Genomics公司提供的外周血单个核细胞(PBMC)数据集。通过使用 Illumina NextSeq 500测序得到了2700个细胞的单细胞转录组数据。 测试数据可以从Seurat官网 https://sati ………………………………

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