主要观点总结
文章介绍了网络图绘制软件如gephi、cytoscape、R等,对于生信小白可能存在的报错风险。文章重点介绍了使用OmicShare在线绘图工具绘制网络图的流程,包括数据准备、图形调整等方面,并提到了该工具能够展示权重网络图和有向网络图。文章还介绍了工具的使用权益和注意事项,版权信息。
关键观点总结
关键观点1: 网络图绘制软件介绍
文章提到了常用的网络图绘制软件如gephi、cytoscape、R等,并指出对于生信小白来说选择合适的在线绘图工具更为方便。
关键观点2: OmicShare工具的使用流程
文章详细介绍了使用OmicShare工具绘制网络图的流程,包括数据准备、图形调整等方面的操作。
关键观点3: 权重网络图与有向网络图的展示
文章提到了OmicShare工具可以展示权重网络图和有向网络图,并介绍了两者在数据整理和展示上的不同。
关键观点4: 工具的使用权益和注意事项
文章介绍了OmicShare工具的使用权益和注册方式,并提醒用户注意版权问题。
文章预览
常用的网络图绘制软件不外乎gephi、cytoscape、R等,对生信小白来说无疑会有很大的报错风险,选择一个好用出图又好看的在线绘图小工具就再省事不过了。只需鼠标修改参数,轻松完成多种好看的网络图。 Omicshare兼有侧重展示基因间相互作用关系强弱的权重网络图,以及侧重展示基因间方向性关系,如信号传递路径和调控关系的有向网络图,简单操作轻松得到好看的结果图,来眼熟一下流程步骤~ 数据准备 因侧重展示点不同,权重网络图与有向网络图工具在数据整理中所需的信息及格式略有不同,如权重网络图要求边界文件中的三列信息,分别为 存在相互作用关系的一对基因 (不区分方向)及对应 权重值(相关系数) ; 有向网络图的上传文件则要求 第一列的基因作用于第三列的基因 ,第二列为分组名称;两组上传文件都必须 有表头 , 权重
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