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前面我在笔记: 作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢 提到了一个小技巧,是可以通过下面的r代码读取geo数据库里面的转录组测序表达量矩阵,这个矩阵来自于geo官方的转录组定量流程 ,如下所示的r代码 : urld "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?format=file =rnaseq_counts" path "acc=GSE182923", "file=GSE182923_raw_counts_GRCh38.p13_NCBI.tsv.gz" , sep= " & " ); tbl T, colClasses= "integer" ), rownames= 1 ) 虽然说我们确实是在单细胞天地,生信菜鸟团,生信技能树等多个公众号转发了: 作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢 里面的小技巧,但仍然是各个交流群还是有人发问,关于转录组测序的公共数据集如何分析,因为大家看到的常规教程都是之前的表达量芯片的数据分析流程。 转录组测序首先是表达量矩阵是
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