#分子模拟#PROPKA3:蛋白pKa值预测工具

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PROPKA3 是一个基于经验的 pKa 预测工具，在3.1版本中还加入了 蛋白配体复合物 的 pKa 预测。其是计算蛋白电荷的知名服务 PDB2PQR 中使用的 pKa 预测工具，其包全为Python所写。 其 Github 地址如下: https://github.com/jensengroup/propka-3.1 首先从 G ithub 中下载安装包: 然后进行常规的安装，要求 python2.7 或者 python3.1 及以上 cd propka- 3.1 python setup.py install --user 使用的方法也非常简单，例如: propka31 1 hpx.pdb 其计算方法主要是增加了库仑力与氢键的作用，例如: Glu 17 and Glu 178 in Bacillus agaradhaerens xylanase 因为Arg 49与Glu 17库伦联系使得其大约降低1.7pH的pKa值，与Lys53的联系使得降低了1.9pH（0.9的氢键联系和1.0的库伦作用） 值得注意的是其好像只计算极性氨基酸残基的pKa值，例如 1HPX-warn.pdb ………………………………