原来Scenic转录因子分析升级到Scenic+了，这篇Nat Cancer做了一个示范应用

主要观点总结

本文主要介绍了Scenic+与原版Scenic相比的优势，并详述其在T细胞急性淋巴细胞白血病研究中的应用。另外，文章也介绍了一项针对T细胞急性淋巴细胞白血病的研究进展，该研究发现了一种与治疗抵抗相关的骨髓祖细胞样癌症亚群，为高风险患者的精准治疗带来希望。文章涵盖了单细胞测序、单细胞多组学、转录因子分析、生信分析和生物信息学等方面的内容。

关键观点总结

关键观点1: Scenic+的优势

相比原版Scenic，Scenic+引入了更多调控元素，集成了更多功能模块，以获取更准确的调控信息。尤其结合单细胞ATAC-seq数据，能纳入多组学数据。

关键观点2: T细胞急性淋巴细胞白血病研究的新突破

研究发现与治疗抵抗相关的骨髓祖细胞样癌症亚群（BMP-like亚群），揭示了该亚群对化疗和类固醇治疗抵抗的特性。研究还发现BMP-like亚群的存在显著降低了患者的五年总生存率，并提供了通过分子标志物进行风险分层的可能性。

关键观点3: NOTCH1突变在T-ALL中的作用

研究揭示了NOTCH1突变对T-ALL细胞分化状态的影响，并指出其推动癌细胞从BMP-like状态向T细胞特异化方向分化的双重作用。

文章预览

不设置🌟有时会收不到公众号内容，code一段时间后会失效,代码在 文末 一直习惯性的用Scenic初步看看有没有啥好的结果，看了这篇文章才知道还有Scenic+，一篇17年，一篇23年的，都是同一个课题组发的，发了两篇Narure Methods。 SCENIC+与之前相比， 引入了更多的调控元素（例如增强子、miRNA等），并且集成了更多的功能模块（如ChIP-seq数据），以获得更准确的调控信息。 原版SCENIC 依赖于转录因子和目标基因之间的共表达模式进行推断，但没有很充分地整合更多的调控元件（例如DNA甲基化、染色质开放性等）。 其实最明显的就是它可以结合 单细胞ATAC-seq（染色质开放性数据) 了，能够纳入多组学数据。 本文内容 无论是SCENIC+原文的代码，还是直接看这篇文章的代码应用都行，这篇文章给的这部分都挺详细的，还能学一些绘图技巧 多组学研究揭示T细胞 ………………………………