今天看啥  ›  专栏  ›  灵活胖子的科研进步之路

代谢组学的整洁分析流程-tidymass-6-探索数据

灵活胖子的科研进步之路  · 公众号  ·  · 2024-09-08 00:30

文章预览

教程目录 教程地址:https://www.tidymass.org/docs/chapter5/1-data_explore/ 数据准备 下载示例数据并参考这篇文章。 我们有正离子模式和负离子模式。对于每种模式,我们有对照组、病例组和 QC 组。对照组有 110 个样本,病例组也有 110 个样本。 |625 正离子模式 massprocesser 包用于进行原始数据处理。请参考[此网站](file:///Users/xiaotaoshen/tidymass/massprocesser/docs/index.html)。 代码 用于原始数据处理的代码: library (tidymass) process_data(   path =  "mzxml_ms1_data/POS" ,   polarity =  "positive" ,   ppm =  10 ,   peakwidth = c( 10 ,  60 ),   threads =  4 ,   output_tic =  FALSE ,   output_bpc =  FALSE ,   output_rt_correction_plot =  FALSE ,   min_fraction =  0.5 ,   group_for_figure =  "QC" ) 结果 所有结果将放置在 mzxml_ms1_data/POS/Result 文件夹中。更多信息请参见此处。 你可以直接加载该对象-object,它 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照
总结与预览地址:访问总结与预览