4+单细胞+免疫+预后思路，纯生信文章轻松拿下!

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‍ 导语 今天给同学们分享一篇生信文章“ Identifying a survival-associated cell type based on multi-level transcriptome analysis in idiopathic pulmonary fibrosis ”，这篇文章发表在 Respir Res 期刊上，影响因子为4.7。 结果： 通过 scRNA-seq 分析揭示 IPF 患者的上皮结构 总体研究设计见附加文件1：图 S1。为了系统揭示 IPF 上皮细胞的特征，作者在GSE136831中收集了 32 名 IPF 患者的 13,223 个上皮细胞，并使用 R 软件包 Seurat 处理 scRNA-seq 数据并进行无监督聚类。13,223 个上皮细胞被分为 10 种主要细胞类型：异常基底细胞、肺泡 1 型（AT1）细胞、肺泡 2 型（AT2）细胞、基底细胞、鹅口疮细胞、离子细胞、间皮细胞、肺神经内分泌细胞（PNEC）、纤毛细胞和俱乐部细胞（图1A）。对这 10 种主要细胞类型进行了差异分析，发现了 7714 个标记基因（adj p < 0.05，图1B）。其中，ATI 细胞高表达典型 ………………………………