专栏名称: 生信钱同学
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对于咱们生信人来讲,通关了黑神话,显卡还能做点啥?GPU加速单细胞分析

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-11-17 07:00

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最近可算拿到了黑神话悟空的全成就,连续两周目的游戏实在是有点肝疼了。相信不少热衷3A游戏的朋友为了玩黑神话也入手了几款中高端显卡,游戏通关了,显卡可不能闲着,必须拿它盘点单细胞数据。 简单介绍下 rapids-singlecell: Rapids-singlecell 作为 scanpy 的替代品, 提供增强的单细胞数据分析,并且 同时整合了 squidpy 和 decoupler 的部分功能。它通过 cupy 和 Nvidia 的 RAPIDS 实现 GPU 计算,强调高效计算,并且最终作为 scverse 生态系统的一部分,通过社区协作不断保持兼容性和发展。此外 rapids-singlecell还有几个独有的高变基因筛选方法:person_residual和poisson_gene_selection。 简而言之rapids-singlecell具有以下特性: GPU 优化: 利用 GPU 加速大数据集的处理。 集成 scverse 库:整合 scanpy 的主要功能,并增加 squidpy 和 decoupler 的特性。 简单的安装过程:可通过 Conda ………………………………

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