找肿瘤的差异基因，你选对了对照吗？

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在肿瘤研究中，寻找差异表达（上下调）基因是一个常见的步骤，用于识别在肿瘤组织与正常组织之间表达量发生显著变化的基因。一个文章的差异分析课题思路是： 数据获取 ： 利用高通量测序技术（如RNA-seq）或微阵列技术获取肿瘤组织和正常组织的基因表达数据。 从公共数据库（如TCGA、GEO、GTEx等）下载相关的表达数据集。 质量控制 ： 对原始数据进行质量控制，包括去除低质量的读段、比对到参考基因组、去除背景噪声等。 数据预处理 ： 标准化处理，如使用RPKM（Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped）或CPM（Counts Per Million）等方法对数据进行标准化。 去除批次效应，使用如RUVSeq、ComBat等工具来校正不同实验批次之间的技术差异。 差异表达分析 ： 使用统计软件包（如DESeq2、 ………………………………