挑战PrimalScheme，病原体基因组平铺扩增子测序的全自动引物设计工具

文章预览

叠瓦式扩增子测序（Tiled amplicon sequencing）已经成为追踪病原体传播与进化的重要手段。已公开的 1500 万个 SARS-CoV-2 基因组中，大多数通过它完成测序和组装。然而，当前引物设计工具仍然依赖人工干预以及大量实验进行迭代优化。为此，美国莱斯大学的研究团队开发了基于单核苷酸多因素风险评分和 SADDLE 算法的全自动、变异感知的序列设计工具——Olivar。与流行的PrimalScheme软件相比，Olivar引物组与SNP的重叠区以及可预测的PCR副产物更少，并且兼容存在高频/高密度变异的基因组。在实际样本头对头比较实验中，未经人工优化的Olivar引物组表现出了优异性能。该成果发表在 Nature Communications 杂志。 研究背景 Research background 人口增长、全球贸易、国际旅行和气候变化导致公共卫生事件频率增加。环境样本的微生物组监测有助于发现新型病原体，追踪 ………………………………