西湖大学李子青团队: DiffBP–基于靶标蛋白等扩散式 3D 分子生成

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‍ ‍ 研究背景 从头生成 (de novo generation) 与特定蛋白质结合的分子是药物研发中的一项重要任务。过去采用自回归方式逐步生成分子原子的生成策略逐一生成原子的元素类型和三维坐标。 然而，在实际分子系统中，原子之间的相互作用是全局性的，其 3D 构象稳定在成对耦合的能量函数的极小值附近。基于这种能量的考量，概率建模应依赖于联合分布，而非顺序的条件分布。因此，顺序自回归生成方法容易产生不符合物理规律的分子，进而导致不理想的分子性质。 在本研究中，DiffBP 作为一种生成扩散模型，用于生成分子的三维结构，通过将目标蛋白质作为上下文约束，在全原子级别以非自回归方式完成生成。在给定指定的三维蛋白结合位点时，模型通过等变网络学习去噪分子的元素类型和三维坐标。在实验评估中，DiffBP 展现出相较现有方法的竞 ………………………………