scTCR+scRNA | APackOfTheClones - umap坐标下球形展示celltype的clone size

主要观点总结

文章介绍了使用APackOfTheClones进行克隆型计数分布可视化的方法，包括载入R包、数据处理、scRepertoire可视化、APackOfTheClones可视化等步骤，并提到了关于颜色调整、factor顺序指定颜色等细节问题。

关键观点总结

关键观点1: APackOfTheClones可视化介绍

介绍了如何使用APackOfTheClones进行克隆型计数分布的可视化，包括载入R包、数据处理等步骤。

关键观点2: scRepertoire可视化

使用常规方式在umap图中展示cloneType的信息，包括颜色设置和DimPlot的使用。

关键观点3: T细胞亚群的注释和处理

提取出T细胞后，进行标准化流程处理，包括数据归一化、寻找可变特征、比例缩放、运行PCA、运行UMAP、寻找邻居和集群等步骤。

关键观点4: APackOfTheClones可视化的调整和美化

通过调整参数和颜色，对APackOfTheClones的可视化结果进行美化和优化，包括标签位置、数值、线型、着色等方面的调整。

文章预览

        APackOfTheClones 是2021年的Single-cell analysis pinpoints distinct populations of cytotoxic CD4+ T cells and an IL-10+CD109+ TH2 cell population in nasal polyps文献中的一种克隆型计数分布的可视化方式。通过每个球对应于给定cluster中的一个克隆型，球的大小与celltype中该克隆的细胞数量成正比，且对应的位置与UMAP图近似。 一 载入R包， 数据 首先下载，载入R包APackOfTheClones 。仍然使用前面免疫组库相关推文的数据，分别（1）使用Seurat的标准流程处理scRNA 和（2）使用 scRepertoire 的标准流程处理 scTCR 数据 （3）然后结合scRNA 和 scTCR的数据，详细的分析过程见  单细胞免疫组库VDJ| 从零开始scRepertoire分析，解决真实场景中可能的问题 #install.packages("APackOfTheClones") library(APackOfTheClones) library(Seurat) library(scRepertoire) library(tidyverse) library(ggsci) #获取期刊经典颜色 library(scales) #展示颜色 l ………………………………