实用干货 | 转录组差异分析常见问题解答

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Q1：我该怎么区分我的基因是上调还是下调？ 为什么我们经常看到差异基因（DEGs）里的负数代表下调，正数代表上调？因为我们使用了LogFoldChange（LFC）。那为什么不使用FoldChange（FC）来表示差异倍数呢？FC的数值范围可能非常大，特别是对于那些高度上调或下调的基因。例如，一个基因的表达量可能增加了100倍，而另一个只增加了2倍。这种大的数值范围使得数据可视化变得困难，并且可能掩盖较小但仍然生物学上重要的变化。 Fig1 对数曲线 横坐标表示FC，当FC>2时，LFC>1；当FC < 0.5时，LFC1时，上调；LFC < -1时，下调。 Q2：DEGs数目太少/太多怎么办？ 通常通过两个参数进行DEGs的筛选，分别是LFC和Pvalue或者FDR。其中，LFC是两个样本一个基因表达量的差异倍数，Pvalue和FDR是两个常用的统计指标，用于评估基因表达的显著性差异。FDR提供了一个更加严格的 ………………………………