抽丝剥茧解决共享服务器的R包依赖问题（以xCell为例）

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开始系统性梳理我们的共享服务器业务线的使用指南，首先我们官方团队做完善的整理，比如： 玩转服务器—数据上传与下载 ，然后也邀请了一些用户分享真实的笔记： 事情的起因是我想用xCell分析两组患者的免疫微环境差异。 于是正常地加载服务器的 xCell这个 R包和自己的表达量矩阵数据，并且运行xCellAnalysis。 > library(xCell) > TPM_exp "./immune_analysis/TPM_exp.rds") > xCell_results  rnaseq = TRUE, parallel.sz = 4) 然而这个时候出现报错： Error  in  GSVA::gsva(expr, signatures, method =  "ssgsea" , ssgsea.norm = FALSE, : Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., ...) is defunct; use a method-specific parameter object (see  '?gsva' ). 奇怪，怎么GSVA报错？ 这时去了解xCell运行原理，发现它其实是使用ssGSEA计算样本在每个细胞类型上的富集得分。 （真的是羡慕嫉妒恨啊，就这么简单的 ………………………………